En la temporada 1950-51 el Numancia queda encuadrado en
el mismo grupo Norte de la Segunda división y sus
rivales fueron los mismos prácticamente que en la
temporada anterior. Esta competición marca el final
del Numancia en la división de plata. El equipo no
mantuvo la categoría por decisión de la Federación
Española de Fútbol al sancionarlo por alineación
indebida (algunos jugadores fueron fichados a falta de quince
partidos para la finalización de la Liga).
Tras esta derrota moral, el equipo afrontó un periodo
de crisis en todos los sentidos con cambios en la junta
directiva y plantilla. En la temporada 1951-52, el equipo
queda encuadrado en el grupo segundo de Tercera división.
Evidentemente, el público no acudía a los
encuentros con el mismo entusiasmo con que lo hacía
en las anteriores campañas. Al finalizar la temporada,
el Club finaliza en la decimo tercera posición, pero
nuevamente alineaciones indebidas hicieron que descendiera
de categoría hundiéndose en el pozo de la
Regional. El descenso anunciado, sin embargo, no se consumó
y el Numancia continuó militando en la Tercera división
en la temporada 1952-53; temporada en la que consiguió
finalizar entre los seis primeros de la clasificación
con el técnico Peinado quien contó con 27
jugadores, casi todos foráneos.
Para la siguiente temporada sin embargo se contaría
mayoritariamente con jugadores de la cantera como Abelio,
Almunia, Capilla, Casetas, Cea, Curita, Chain, Delso, Eduardo,
Faustino, Hergueta I, Hergueta II, Iglesias, Lolo, Manso,
Moñuz, Ochoa, Martín, Tomeo, Santos, Zalo
y Vidal. Este equipo pasó algunos apuros en la categoría
pero se salvó quedando clasificado en el puesto 12.
En la temporada 1954-55 el club quedó encuadrado
en el grupo quinto de la Tercera división con equipos
como Binefar, Arenas, Gallur y Celta. La calidad de los
equipos hizo que el Numancia disputara la fase de Descenso
y Permanencia, clasificándose entre los tres primeros
y salvando así la categoría.
La temporada 1955-56 vino marcada por la dimisión
en pleno de toda la junta directiva, siendo la situación
económica crítica. En el terreno deportivo,
el Numancia quedó integrado en el mismo grupo que
la temporada anterior, finalizando sexto en la Liga y disputando
de nuevo la fase de Permanencia, aunque conservó
con solvencia la categoría.
Algo similar ocurrió en la temporada 1956-57 (grupo
quinto y octava posición) y en la 1957-58 (grupo
quinto con equipos aragoneses y quinta posición).
A mediados de 1958 se fundó el C.D. Numancia juvenil
para seguir promocionando el deporte y el fútbol
entre los jóvenes de la capital y de la provincia,
participando en el campeonato juvenil de Aragón.
En la temporada 1958-59, el Numancia militó nuevamente
en el grupo quinto de la Tercera división, finalizando
en el séptimo puesto.
En la temporada 1959-60 el equipo volvió a pasar
por apuros económicos. La junta pretendió
cambiar de grupo pero la Federación se lo negó.
La temporada fue mal y el Numancia terminó en el
puesto décimo quinto, perdiendo así la categoría
de Tercera división.